Get a matrix with public clonotype frequencies

public_matrix(.data)

Arguments

.data: Public repertoire, an output from pubRep.

Value

Matrix with per-sample clonotype counts / proportions only.

Examples

data(immdata)
immdata$data <- lapply(immdata$data, head, 2000)
pr <- pubRep(immdata$data, .verbose = FALSE)
pr.mat <- public_matrix(pr)
dim(pr.mat)
#> [1] 23261    12
head(pr.mat)
#>      A2-i129 A2-i131 A2-i133 A2-i132 A4-i191 A4-i192 MS1 MS2 MS3 MS4 MS5 MS6
#> [1,]       1      NA       2       1      NA       1  NA  NA   1   1   1   1
#> [2,]       3      NA       1       1      NA      NA  NA   1  NA   1  NA   1
#> [3,]       2      NA      NA       2       3      NA   1  NA  NA  NA   1   1
#> [4,]      NA      NA      NA       4       1       1  NA  NA   1  NA  NA   2
#> [5,]       4       2      NA       2       3       1  NA  NA  NA  NA  NA  NA
#> [6,]       1       3      NA       1      NA      NA  NA  NA   1  NA  NA   1