Get the N most abundant clonotypes
top(.data, .n = 10)The data to be processed. Can be data.frame, data.table, or a list of these objects.
Every object must have columns in the immunarch compatible format. immunarch_data_format
Competent users may provide advanced data representations: DBI database connections, Apache Spark DataFrame from copy_to or a list of these objects. They are supported with the same limitations as basic objects.
Note: each connection must represent a separate repertoire.
Numeric. Number of the most abundant clonotypes to return.
Data frame with the .n most abundant clonotypes only.
data(immdata)
top(immdata$data)
#> $`A2-i129`
#> # A tibble: 10 × 15
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#> 8 31 0.00365 TGTGCCAGC… CASSEE… TRBV2 TRBD1 TRBJ1… 15 17 20
#> 9 30 0.00353 TGCGCCAGC… CASSQP… TRBV4… TRBD1 TRBJ2… 14 23 28
#> 10 28 0.00329 TGTGCCAGC… CASSWV… TRBV6… TRBD1 TRBJ2… 12 20 25
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
#> $`A2-i131`
#> # A tibble: 10 × 15
#> Clones Proportion CDR3.nt CDR3.aa V.name D.name J.name V.end D.start D.end
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#> 10 29 0.00341 TGTGCCAGC… CASSYI… TRBV6… TRBD1 TRBJ1… 14 17 20
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
#> $`A2-i133`
#> # A tibble: 11 × 15
#> Clones Proportion CDR3.nt CDR3.aa V.name D.name J.name V.end D.start D.end
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#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
#> $`A2-i132`
#> # A tibble: 10 × 15
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#> 8 16 0.00188 TGCGCCAGC… CASSLD… TRBV5… TRBD1 TRBJ2… 15 -1 -1
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#> 10 15 0.00176 TGCGCCAGC… CASSQE… TRBV4… TRBD1 TRBJ2… 16 20 23
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
#> $`A4-i191`
#> # A tibble: 10 × 15
#> Clones Proportion CDR3.nt CDR3.aa V.name D.name J.name V.end D.start D.end
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#> 8 68 0.008 TGTGCCAGC… CASSFG… TRBV1… TRBD1 TRBJ2… 13 23 26
#> 9 66 0.00776 TGTGCCAGC… CASSAG… TRBV7… TRBD1 TRBJ2… 11 15 21
#> 10 56 0.00659 TGCGCCAGC… CASSLA… TRBV5… TRBD2 TRBJ1… 15 20 24
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
#> $`A4-i192`
#> # A tibble: 11 × 15
#> Clones Proportion CDR3.nt CDR3.aa V.name D.name J.name V.end D.start D.end
#> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <int> <int> <int>
#> 1 150 0.0176 TGCGCCAGC… CASSES… TRBV1… TRBD1 TRBJ2… 16 17 19
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#> 6 101 0.0119 TGCAGTGCT… CSARDF… TRBV2… TRBD1 TRBJ2… 13 24 31
#> 7 95 0.0112 TGTGCCAGC… CASSPN… TRBV1… TRBD2 TRBJ1… 10 11 14
#> 8 76 0.00894 TGTGCCAGC… CASSLI… TRBV27 TRBD1 TRBJ2… 14 17 19
#> 9 51 0.006 TGTGCCAGC… CASSPK… TRBV18 TRBD2 TRBJ2… 14 18 24
#> 10 42 0.00494 TGTGCCAGC… CASSPN… TRBV1… TRBD2 TRBJ1… 11 16 19
#> 11 42 0.00494 TGCGCCAGC… CASSHP… TRBV4… TRBD2 TRBJ2… 13 17 28
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
#> $MS1
#> # A tibble: 10 × 15
#> Clones Proportion CDR3.nt CDR3.aa V.name D.name J.name V.end D.start D.end
#> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <int> <int> <int>
#> 1 539 0.0634 TGTGCCAGC… CASSLQ… TRBV7… TRBD2 TRBJ2… 14 18 26
#> 2 320 0.0376 TGTGCCAGC… CASSVY… TRBV9 TRBD1 TRBJ2… 13 20 22
#> 3 204 0.024 TGCAGTACC… CSTEED… TRBV2… TRBD1 TRBJ2… 5 14 19
#> 4 151 0.0178 TGCAGCGTT… CSVELR… TRBV2… TRBD1 TRBJ2… 11 16 19
#> 5 98 0.0115 TGTGCCAGC… CASSLG… TRBV5… TRBD1 TRBJ2… 15 16 22
#> 6 81 0.00953 TGCAGTGCT… CSARDL… TRBV2… TRBD2 TRBJ2… 13 15 20
#> 7 76 0.00894 TGTGCCAGC… CASSFE… TRBV7… TRBD1 TRBJ2… 13 16 22
#> 8 62 0.00729 TGCAGCTAT… CSYRTG… TRBV2… TRBD1 TRBJ2… 5 10 20
#> 9 60 0.00706 TGTGCCAGC… CASSLG… TRBV28 TRBD1 TRBJ2… 14 26 31
#> 10 38 0.00447 TGTGCCAGC… CASSLY… TRBV7… TRBD2 TRBJ2… 14 17 19
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
#> $MS2
#> # A tibble: 10 × 15
#> Clones Proportion CDR3.nt CDR3.aa V.name D.name J.name V.end D.start D.end
#> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <int> <int> <int>
#> 1 97 0.0114 TGTGCCAGC… CASSTR… TRBV28 TRBD1 TRBJ2… 10 15 20
#> 2 77 0.00906 TGCAGCGTT… CSVEGG… TRBV2… TRBD1 TRBJ2… 12 13 17
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#> 4 32 0.00376 TGTGCCAGC… CASSIT… TRBV27 TRBD1 TRBJ1… 11 16 18
#> 5 26 0.00306 TGCAGCGTT… CSVEGG… TRBV2… TRBD2 TRBJ2… 12 13 16
#> 6 25 0.00294 TGTGCCAGC… CASGSG… TRBV1… TRBD1 TRBJ2… 8 15 23
#> 7 24 0.00282 TGCAGTGCT… CSAMGS… TRBV2… TRBD2 TRBJ2… 9 16 25
#> 8 22 0.00259 TGTGCCAGC… CASSQG… TRBV7… TRBD1 TRBJ2… 11 12 17
#> 9 22 0.00259 TGTGCCAGC… CASSPG… TRBV7… TRBD1 TRBJ2… 11 15 21
#> 10 21 0.00247 TGCAGTGCT… CSAGRD… TRBV2… TRBD1 TRBJ2… 8 13 17
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
#> $MS3
#> # A tibble: 10 × 15
#> Clones Proportion CDR3.nt CDR3.aa V.name D.name J.name V.end D.start D.end
#> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <int> <int> <int>
#> 1 608 0.0715 TGTGCCAGC… CASSQD… TRBV14 TRBD1 TRBJ2… 16 19 21
#> 2 291 0.0342 TGTGCCAGC… CASSPT… TRBV1… TRBD1 TRBJ2… 11 14 22
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#> 4 115 0.0135 TGTGCCACC… CATSII… TRBV15 TRBD2 TRBJ2… 11 16 24
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#> 6 51 0.006 TGTGCCAGC… CASSLG… TRBV5… TRBD1 TRBJ2… 15 23 26
#> 7 33 0.00388 TGTGCCAGC… CASSPG… TRBV7… TRBD1 TRBJ2… 11 16 19
#> 8 33 0.00388 TGTGCCAGC… CASSPG… TRBV7… TRBD2 TRBJ2… 11 15 27
#> 9 32 0.00376 TGTGCCATC… CAIRDP… TRBV1… TRBD1 TRBJ2… 10 17 20
#> 10 29 0.00341 TGTGCCAGC… CASSLG… TRBV7… TRBD2 TRBJ2… 15 16 27
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
#> $MS4
#> # A tibble: 10 × 15
#> Clones Proportion CDR3.nt CDR3.aa V.name D.name J.name V.end D.start D.end
#> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <int> <int> <int>
#> 1 28 0.00329 TGTGCCAGC… CASSVV… TRBV9 TRBD1 TRBJ2… 15 24 29
#> 2 27 0.00318 TGTGCCAGC… CASSPD… TRBV7… TRBD1 TRBJ2… 11 21 24
#> 3 27 0.00318 TGTGCCACC… CATSRD… TRBV15 TRBD2 TRBJ2… 11 26 31
#> 4 24 0.00282 TGCGCCAGC… CASQRE… TRBV4… TRBD2 TRBJ1… 8 15 18
#> 5 18 0.00212 TGTGCCAGC… CASSHR… TRBV5… TRBD1 TRBJ2… 11 16 25
#> 6 16 0.00188 TGTGCCAGC… CASSFV… TRBV1… TRBD1 TRBJ2… 13 17 23
#> 7 15 0.00176 TGTGCCAGC… CASSYS… TRBV7… TRBD2 TRBJ2… 10 16 20
#> 8 15 0.00176 TGCGCCAGC… CASRSG… TRBV5… TRBD1 TRBJ2… 10 16 26
#> 9 14 0.00165 TGTGCCATC… CAISDR… TRBV1… TRBD1 TRBJ1… 13 14 18
#> 10 14 0.00165 TGCAGCGCC… CSATGD… TRBV2… TRBD1 TRBJ1… 7 9 15
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
#> $MS5
#> # A tibble: 10 × 15
#> Clones Proportion CDR3.nt CDR3.aa V.name D.name J.name V.end D.start D.end
#> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <int> <int> <int>
#> 1 433 0.0509 TGTGCCAGC… CASSPG… TRBV1… TRBD1 TRBJ2… 10 13 19
#> 2 414 0.0487 TGTGCCAGC… CASSPT… TRBV6… TRBD1 TRBJ2… 10 16 19
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#> 4 233 0.0274 TGTGCCAGC… CASSQG… TRBV7… TRBD1 TRBJ1… 11 14 19
#> 5 106 0.0125 TGTGCCAGC… CASSLG… TRBV7… TRBD2 TRBJ2… 15 16 26
#> 6 79 0.00929 TGTGCCAGC… CASRFK… TRBV6… TRBD2 TRBJ2… 10 18 27
#> 7 75 0.00882 TGTGCCAGC… CASSLG… TRBV28 TRBD1 TRBJ2… 14 15 18
#> 8 55 0.00647 TGTGCCAGC… CASSQD… TRBV3… TRBD2 TRBJ2… 16 24 27
#> 9 45 0.00529 TGCGCCAGC… CASSQE… TRBV4… TRBD2 TRBJ1… 16 19 22
#> 10 40 0.00471 TGTGCCACC… CATSRV… TRBV15 TRBD2 TRBJ2… 11 16 23
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
#> $MS6
#> # A tibble: 11 × 15
#> Clones Proportion CDR3.nt CDR3.aa V.name D.name J.name V.end D.start D.end
#> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <int> <int> <int>
#> 1 46 0.00541 TGTGCCAGC… CASSAT… TRBV27 TRBD1 TRBJ2… 11 14 18
#> 2 41 0.00482 TGCAGTGCT… CSARDK… TRBV2… TRBD2 TRBJ2… 13 16 25
#> 3 29 0.00341 TGTGCCAGC… CASSPL… TRBV1… TRBD1 TRBJ2… 11 19 23
#> 4 26 0.00306 TGTGCCAGC… CASSPN… TRBV1… TRBD2 TRBJ1… 11 12 14
#> 5 21 0.00247 TGTGCCAGC… CASGTG… TRBV7… TRBD1 TRBJ1… 8 9 16
#> 6 20 0.00235 TGCGCCAGC… CASSLS… TRBV5… TRBD2 TRBJ2… 14 18 27
#> 7 18 0.00212 TGTGCCAGC… CASSPN… TRBV1… TRBD1 TRBJ2… 11 19 21
#> 8 17 0.002 TGTGCCAGC… CASSTG… TRBV6… TRBD2 TRBJ2… 11 14 26
#> 9 12 0.00141 TGTGCCAGC… CASSDS… TRBV6… TRBD2 TRBJ2… 16 17 27
#> 10 11 0.00129 TGCAGTGCT… CSARED… TRBV2… TRBD1 TRBJ1… 13 18 20
#> 11 11 0.00129 TGTGCCAGC… CASSSP… TRBV27 TRBD2 TRBJ2… 12 13 17
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>
#>
top(immdata$data[[1]])
#> # A tibble: 10 × 15
#> Clones Proportion CDR3.nt CDR3.aa V.name D.name J.name V.end D.start D.end
#> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <int> <int> <int>
#> 1 173 0.0204 TGCGCCAGC… CASSQE… TRBV4… TRBD1 TRBJ2… 16 18 26
#> 2 163 0.0192 TGCGCCAGC… CASSYR… TRBV4… TRBD1 TRBJ2… 11 13 18
#> 3 66 0.00776 TGTGCCACC… CATSTN… TRBV15 TRBD1 TRBJ2… 11 16 22
#> 4 54 0.00635 TGTGCCACC… CATSIG… TRBV15 TRBD2 TRBJ2… 11 19 25
#> 5 48 0.00565 TGTGCCAGC… CASSPW… TRBV27 TRBD1 TRBJ1… 11 16 23
#> 6 48 0.00565 TGCGCCAGC… CASQGD… TRBV4… TRBD1 TRBJ1… 8 13 19
#> 7 40 0.00471 TGCGCCAGC… CASSQD… TRBV4… TRBD1 TRBJ2… 16 21 26
#> 8 31 0.00365 TGTGCCAGC… CASSEE… TRBV2 TRBD1 TRBJ1… 15 17 20
#> 9 30 0.00353 TGCGCCAGC… CASSQP… TRBV4… TRBD1 TRBJ2… 14 23 28
#> 10 28 0.00329 TGTGCCAGC… CASSWV… TRBV6… TRBD1 TRBJ2… 12 20 25
#> # ℹ 5 more variables: J.start <int>, VJ.ins <dbl>, VD.ins <dbl>, DJ.ins <dbl>,
#> # Sequence <lgl>